活佛济公2的故事由画中仙、疯女劫、血魔出世、万应佛堂、雪女传说、木马缘、双退婚、鬼郎君贞洁牌坊等9个单元组成。
一九三〇年代初,一起女大学生宿舍离奇死亡案案发上海滩,中央巡捕房探长关岑(王星越 饰)因此结识热爱侦探小说的女大生陆以真(吴佳怡 饰),并由此牵扯出一起十七年前的女童绑架案。两年后,陆以真参加上海第一批女警招考,关岑成为她的直属上司。在案件迭出的巡捕房二人联手,重启调查女童拐卖案,驱散了遮蔽在他们头顶的迷雾与噩梦。
民国年间,富家少爷樊傻儿不喜读书,只爱舞枪弄棒吃喝玩乐,即使娶了贤惠的玉贞依旧顽劣不改,伙同大师兄等人抢叔公家粮食接济百姓。抢粮东窗事发,叔公在众乡绅胁迫下以通匪罪将傻儿活埋,佣人樊宝刨土相救。樊傻儿流落异乡尝尽艰辛,在玄机子指点下做了土匪。他凭着一股傻气和义气,深得刀疤等弟兄敬重,杀死强奸民女的恶老大崔一洞,稀里糊涂当上匪首。后来,樊傻儿被国民党收编,土匪变团长,依旧傻性不改,一路歪打正着屡立战功,很快荣升师长,却遭遇叔公上吊、玉贞改嫁等一系列打击而一蹶不振。日军侵华,樊傻儿放下个人得失加紧操练,但队内赌博成风屡禁不住。他请大师兄吃麻将大餐,全面禁赌震慑军队。队伍开拔抗日,樊傻儿带领面貌一新的队伍奔赴抗日前线。