《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
利瑟尔大人不见了!担任宰相的年轻贵族利瑟尔,某天正在跟属下谈话时,竟突然穿越到另一个名为「帕鲁特达」的异世界。虽然完全不知道该如何回到原来的世界,但利瑟尔本人却依然老神在在,并立刻决定把这趟穿越当作是放长假,全力展开观光加冒险!利瑟尔在街上四处打听情报时,偶然遇到了一个腰配长剑、浑身散发危险气息的黑衣男子劫尔。原来劫尔是全国知名的上级「冒险者」,专门接受委托来赚取金钱和名誉。利瑟尔决定聘僱劫尔担任他的专属「导游」兼保镳,靠着天生的聪明机智和折服人心的话术,利瑟尔的异世界假期,将会掀起什么样的波澜呢?