故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
故事设定在《废头》世界的1042年前,以机器人“罗宾”作为主角。罗宾原本作为护卫,随同调查队长特里斯前往地下世界调查异常情况。尽管肩负保护特里斯的使命,但调查队却遭到了人工生命体马里甘的邪教组织“吉拉教”的袭击。在压倒性的战力差距下,调查队陷入苦战。然而,在这场激烈的交锋中,他们发现了次元的扭曲,并逐步揭开地下世界隐藏的秘密与异变的真相。