杀人越货的罪犯连续神秘死亡,人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主,警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断,基拉有97%的可能性身在日本,于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前,L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时,泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月。不料,多年的搭档老渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决老渡所留下的任务。直升机送来了一箱给老渡的礼物,里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知,该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时,少女真希带着父亲的遗物来找老渡,她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到,L带着两个孩子开始了逃亡。还剩下6天,一向不擅长户外活动又失去了左膀右臂的L能否脱离危机?能否消灭人类制造可怕的死神?
故事设定在《废头》世界的1042年前,以机器人“罗宾”作为主角。罗宾原本作为护卫,随同调查队长特里斯前往地下世界调查异常情况。尽管肩负保护特里斯的使命,但调查队却遭到了人工生命体马里甘的邪教组织“吉拉教”的袭击。在压倒性的战力差距下,调查队陷入苦战。然而,在这场激烈的交锋中,他们发现了次元的扭曲,并逐步揭开地下世界隐藏的秘密与异变的真相。