《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中,以人类的肉为食。拥有人类的形态,却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG,为了达成某个命题,而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们,与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——!?
2015年12月30日,宇宙探索船Luxion船长,高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员,并为之奋斗。 6年后,高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴,被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校,要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选,但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员! 伴随着兴奋与疑惑,高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活,但是令她始料未及的是,她的任务是驾驶机器人,与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任,突然降临在少女高屋法子的身上,她的未来将如何谱写?