《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童,备受期待。8岁时,他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此,他被父亲认为不配作为贵族,并遭到家族流放。因此,范恩被父亲认为不适合作为贵族,并被贴上失格的标签,随后被逐出家门。之后,范恩成为了一个无名边境村的领主,然而这个看似没用的生产系魔术,其实只要有材料就能生产任何东西,潜力惊人。在范恩的带领下,原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士,最终发展成为一座巨大的都市。