TNT在推特发布正式确定《TheLastShip》第二季将于2015年6月21日星期日在TNT回归《末日孤舰》第二季将有13集，比第一季多了三集
天光（郭晋安 饰）是重案组的CID，为人刚直不阿黑白分明。在追查一宗连环杀人案时，发现疑凶竟是二十年前从父亲手上逃脱的犯人。天光父亲大河（许绍雄 饰）是一名资质平庸的警察，且粗心大意不思上进，不仅让罪犯逃走，更是死在妓女床上，让天光母子蒙受巨大屈辱。以写作实况小说知名的作家高珊（陈慧珊 饰）此次亦追踪着天光手上的案件，二人对案件的不同理解造成摩擦，纷纷竞逐真相。 一日，天光发现父亲的旧电话神奇响起，对方声称自己是警察，只是所说所讲都停留在八十年代。细问起才发现那竟是二十年前的父亲大河！二人合作无间，跨越两个时空，共同追查真凶。
李世民（莫少聪 饰）和吴国生（黄日华 饰）是多年的好友，后者因自己而丧命。对好友充满了愧疚的李世民收养了好友的儿子星仔（郑家麟 饰）。星仔个性叛逆，常常惹出许多的麻烦，让李世民的妻子郭可仪（何婉盈 饰）忍无可忍，最终选择离丈夫而去，只有李世民不离不弃的将星仔视如己出。 最终，星仔明白了李世民的苦心，两人之间逐渐产生了真挚的父子之情，在这个节骨眼上，星仔的亲生母亲叶芳（梁小冰 饰）突然出现在了李世民的生活里，要和李世民争夺星仔的抚养权。在此过程中，李世民和叶芳之间渐渐产生感情，无奈叶芳在国外已经结婚成家，两人的这段恋情注定不会有结果。
12年前，中村庆介（龟梨和也 饰）的母亲所经营的幼儿园中，一个幼童遭人杀害，而庆介的母亲也因一档节目而被谣传诬陷成杀人凶手，不堪舆论重负的母亲最终自杀身亡。12年后，庆介决定找出真凶，并向当年逼迫母亲自杀的人进行复仇。庆介将目标锁定在了当时参与节目制作的工作人员、主持人以及掌握案件关键信息的两姐妹。等到他查明真相接近真凶时，便公开足以让其身败名裂的视频以威胁对方完成复仇。就在庆介一步步行动的过程中，新宿中央警署的副署长也对12年前的这起案子产生了兴趣，继而注意到了庆介...
