《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中,以人类的肉为食。拥有人类的形态,却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG,为了达成某个命题,而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们,与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——!?
名门木叶学院转入一个神秘的转校生漩涡鸣人,就此一段忍者们的校园生活展开了。
“秘密结社如月”眼见征服世界的目标即将实现,为了扩大版图,将战斗员六号作为先遣部队派遣至新侵略地,但他的各种行动却让干部们伤透脑筋。
皮皮鲁抢走了缩小芯片,带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队,三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施,与强大的机械狗、无人机对抗,老鼠科学家也来抢夺芯片。危急关头,皮皮鲁选择缩小加西、方猎猎等,大家共同商议如何对付白客公司。同时,白客公司开始转移实验室。舒克贝塔琪琪等开着飞机坦克和摩托车与白客公司交战,夺回了实验室。但恢复芯片却落入白客手中。皮皮鲁改造升级了装备帮助大家潜入。舒克贝塔终于找到恢复芯片,却不幸被捕鼠队长抓住,在监狱见到了旧敌白路。原来他因放电功能被抓来 做实验。在白路的帮助下,舒克等人得以逃脱。没想到科学家潜入白客公司,控制了老板,大战一触即发。