自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
世界最强吸血鬼与剑巫少女所编制的故事现在，开幕——！！“第四真祖”——那是本应只存在于传说中的，世界最强的吸血鬼。驾驭着十二只眷兽、播撒灾厄的幻之吸血鬼，出现在了日本。为了监视、抹杀那个“第四真祖”，政府·狮子王机关决定派遣被称为“剑巫”的攻魔师。然而不知为何，被选为监视者的，却是见习中的“剑巫”少女，姬柊雪菜。雪菜携带着专门对真祖使用的最强灵枪，造访魔族特区“弦神市”。在那里遭遇到的“第四真祖”晓古城的真实身份是——！
