遥远的古灵星被毁灭，幸存的三位超人来到星星球向开心超人求救。以开心超人为首的五位超人为维护宇宙的正义，决定寻找古灵星毁灭的原因。当开心超人追查古灵星毁灭的线索时，却发现多了两个神秘的反派——月舞、星影，阻止他们的追查行动，而且月舞星影背后居然还有更大的势力。他们下一个毁灭的目标就是星星球。
工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
猪猪侠说他自己曾经进入时空隧道，回到了208年的奥林匹斯小岛。迷糊博士觉得事情的可信度很高，于是决定研究大钻石的神奇力量，希望可以回到208年的世界去看个究竟。迷糊博士把大钻石装在了一台时间机器上，并找来猪猪侠帮忙实验。然而在混乱当中，迷糊把时间机器的时空坐标调到了2080年，结果一不小心，把猪猪侠给传送到了未来的世界。在未来的世界里，科学技术的发展可谓一日千里，各种体育运动项目也是借助高科技的产品进行的。这时，破旧不堪的望子成龙小学由于经费不足的问题，面临停学危机，波比等...
