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少年秦风，被誉为无极国千年一遇的天才，却因家族被陷害，被灭满门，只留他一人，在被废掉武脉之后，扔到边缘地带小宗门里自生自灭。为变强复仇，他一直隐忍，时常被欺负，只有心地善良的二师姐经常庇护他。其实所有人都不知道，秦风早已经偷偷开启艰难的体修之路。得知宗门有三人可去天道院修行，在名额已经确定的情况下，不再隐忍，在再次被宗门天才云天雨羞辱时，释放体修身份，直接暴揍云天雨，震惊众人。之后更是主动出击，屡次教训云天雨，公然挑衅护短的大长老，发誓要拿到去天道院修行的名额，因为只有这样才能变得更强。为避免徒弟受辱，最后双方约定，七日后进行比斗，胜者获得名额，可前往天道院修行。在这过程中，云天雨突破境界，意外成为圣子，受人追捧。

　　工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！