一名有沟通障碍，却被众人称为救世主的内向少年，驾驶一架具备自主意识的大型机器人，跟随宇宙战舰离开地球，踏上消灭银河怪兽的旅程。不料却在最终决战时意外落败，当下大型机器人决定启动自爆机能，并利用逃生舱将少年送回地球。只不过当少年平安抵达地球后，映入眼中的竟是一片雪白、毫无生机的结冻地球……
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
