邪恶的机器狂博士指使强大的机器兵团侵占了美丽和平的惑星王国, 并将善良的人们变成了他的奴隶, 就连索尼敬爱的查克叔叔也不幸变成了机器人。 索尼利用叔叔留下的机器将自己改造成为"音速小子“……。
4000年前,出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离,两人结伴游荡荒原,入商队、遭异兽、遇天劫,属于少年的冒险正在展开。在他们的身后,王朝交替、山雨欲来,夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动,那些天赋异禀的少年,早已身在局中。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。