这日,临水城秦家正在举行觉醒武魂的仪式。大长老之子秦长空觉醒五品白虎武魂,在觉醒台引起了异象,引得众族人欢呼。秦家家主之子秦南本被族人给予厚望,却只觉了最废的一品武魂,让至亲好友失望之极,也引来众人异样的眼神和争论。n不久,秦南觉醒一品武魂的消息传遍整个临水城,有人惋惜,有人嘲笑,都觉得如今武道圣地玄灵宗破例给临水城的一个弟子名额,要被城内的另一大家族,方家的少主方如龙获得。n是夜,秦南抓紧修炼,险象环生的废除了自身的一品武魂,觉醒两年前寄宿于自身的无上战神之魂。n
工藤新一,米花高中二年级学生,与小兰是青梅竹马,两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力,被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说,最崇拜福尔摩斯,另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869,但是没有死,只是变成了小孩,改名江户川柯南(取自两个侦探小说里的人名)。幸亏智力没有衰退,还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索,而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班,认识了步美、元太、光彦三人,还成立了少年侦探团。不管是变小前后,都是音痴,唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有:阿栗博士、他父母(听博士说的)、服部平次(与柯南一起破案过程中自己发现的)、怪盗Kid(与柯南的较量中自己发现的)、灰原 哀(变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的)。因为变小后有和小兰一起洗澡,还睡同一张床,所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道,否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.