机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
故事发生在名为美滨学园的私立寄宿制学校之中，高耸的墙壁和森严的制度让这所仅有五名学员的学校成为了与世隔绝的桃花源，某日，一位名为风见雄二（樱井孝宏 配音）的男生转学来到了这里，打破了此处维系多时的平衡，与此同时，雄二亦是学园中唯一的男性。 冷漠寡言的千金大小姐榊由美子（田中凉子 配音），大大咧咧毫无防备的周防天音（田口宏子 配音），傲娇毒舌的金发双马尾松岛满（水桥香织 配音），表面天真无邪实则神秘莫测的入巢莳菜（民安智惠 配音），温文尔雅却略微有些天然呆的小岭幸（清水爱 配音），在这些个性迥异的女孩子们的围绕下，雄二会迎来怎样的校园生活呢？
我开始能看见那个在意女孩的好感度了——。迟迟不敢向青梅竹马茉莉花告白、优柔寡断的北见彼方，对着流星许下了强烈的愿望。"希望能像恋爱游戏一样，看到对方的好感度啊~~~!!"结果从第二天开始，他的视野里就出现了浮现在班上女生们头顶的好感度计量表……!?虽然感到困惑，他还是怀着期待与不安确认了茉莉花酱的计量表，上面显示的，竟然是突破了底线、滴落着粘稠黑泥的坏掉了的好感度计量表——!?"茉莉花酱，明明讨厌我，为什么一直以来都对我那么温柔呢？"面对残酷的现实，他开始思考她至今为止言行背后的真相。究竟，"腹黑可爱"的茉莉花酱隐藏的真实想法是什么？她是真的讨厌主人公，还是计量表的显示藏着什么秘密？在计量表所指示的"地狱"尽头，等待着他们的真爱归宿究竟会是何方!?
