全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
东历1008年，这是一个盛行弹珠游戏的异世界。少年欧阳小枫为了寻求弹珠的更高技艺而寻找传说中的弹珠仙人拜师学艺，之后在弹珠仙人所在的仙珠山遇到了其他四个并肩作战的好朋友，他们凭着正义，执着，信任，善良，勇气一起都成为了弹珠仙人的徒弟。黑暗中的鬼伯爵一直虎视眈眈着弹珠仙人的五大神圣弹珠战机，想要得到五大弹珠魔神，得其强大的力量，继而统治整个弹珠异世界。为了拿到五大弹珠魔神和流落民间的“弹珠戒指”与“弹珠权杖”，鬼伯爵势要铲除欧阳小枫等五战士，鬼伯爵决定通过三场比赛的递增，得到“弹珠权杖”和“弹珠戒指”，然后依靠其强大的力量再夺取五大圣神弹珠战机……
