负责医治地球的异世界“治愈花园”被企图用疾病侵蚀地球的敌人“病幻者”袭击而陷入危机，地球亦陷入危机之中。 为了挽救这个危机，顺利逃走的3只“地球医生见习生”的“治愈动物”们，带着藏有神秘力量的治愈花园的公主拉特，正在前去寻找拍挡。 三名普通少女先后遇到“治愈动物”，变身成光之美少女，向“病幻者”宣战。 感应到“病幻者”的攻击而失去生机的拉特，重要的地球，还有在这里生长的所有生命，抱持保护这一切的感情的光之美少女，现在，把治疗地球的力量结合起来吧！ 那开始吧！光之美少女的作战！
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸，结果发现司机竟是绑匪，他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真，少年侦探团最终能否成功救出博士呢？
