遥か神話の時代より繰り広げられた、善と悪の戦い…。「善神アーガマ」の血を受け継ぐ「大牙剣」は、現代に復活した「邪神ドラゴ」の末裔「女帝ザーラ」率いる「ドラゴ帝国」から人々を、世界を救う為、「バイオアーマー」「獣神ライガー」と一体化して戦う…。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。