在与戈鲁戈姆战斗后半年,本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下,但光太郎不答应,于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下,光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候,光太郎被神秘的太阳光线照射,其体内的帝王石亦产生了变化,光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX,并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
令和末期,日本因全球核战影响走向衰败,大量难民涌入,更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生,引发民众暴动,国家体制崩溃,人口锐减至原来的十分之一以下,文明水平倒退至明治初期,并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后,大和历56年,生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台,一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。