舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者 REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……
世界上自古流传的两条头带,"一番"和"二番",佩带一番者有如神,唯一能向其发出挑战的就是二番佩带者,但全世界的人都可以向二番发起挑战. 少年阿非目睹了曾经作为一番的父亲被来挑战的二番"正义"斩首,从此,背负着杀父之仇走上了挑战一番的道路.
