地球历2110年。成功进入宇宙的人类，把多个资源小行星收归入囊，他们认为这样就与未来和繁荣挂钩了。 但是，在外宇宙的桥头保——木星圈，自称“泛银河统一帝国”的神秘势力乌鲁加尔袭来，使得地球陷入了关乎存亡的危机。 这时候，通过操控遗传基因而适应宇宙的人类诞生了，因此成立了特务机关MJP，而其下属Rabbids小队的少年们，驾驶最新锐的战斗机甲ASH，作为全地球防卫军GDF撤退的盾牌而被送往战斗前线。 面对着拥有压倒性战力的敌军，他们能够生存下去么……
《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
