一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时,收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂(Ghost Eyecon)后,来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物,甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身,成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂,投身于影响世界命运的战斗中。
陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力,没有选择独行倒卖,而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白,并当众展示穿越能力,将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部,开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土,以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时,末世黑科技反向赋能现世,推动科技跨越式发展,也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开,展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。