在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
林动为了从百朝大战中脱颖而出，带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后，他击败了宿敌林琅天，在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承，还获得生死转轮丹，帮助小貂重塑了身体。此后，林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式，成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格，并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而，心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结，启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场，并将林动等人置于死地。最终，林动带领众多参赛者，齐心协力破解西玄域阴谋，捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军，并加入超级宗门中的道宗。
