在深林的深处,生活着一群无忧无虑、快乐的小精灵,他们浑身蓝色,所以叫蓝精灵。他们住在自己村子里蘑菇屋里,精灵爸爸、精灵妹妹、苯苯、乐乐等使得精灵村每天都欢声笑语。可是,在森林深处的城堡里住着一个邪恶的巫师格格巫,他整天策划着怎样找到精灵村,活捉蓝精灵们。蓝精灵们当然不会 坐以待毙,他们运用自己的智慧和格格巫展开了斗争。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。