时间为战国时代，世上所具有的各种魑魅魍魉、异形妖怪等非人灵力生物总称为”暗“。喜欢人类的暗——妖狐玉，以及厌恶人类的仙道——迅火，成立了名为“救世姐弟”的组合进行著扫荡罪恶的救世活动，途中遇上了武士兵头真介。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们为了消灭对人类作恶的暗“障怪”的以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢。
故事发生在神奈川县之中，北条文太郎（山下诚一郎 配音）是一位十分平凡的男子高中生，对于未来，文太郎没有什么希冀和幻想，每一天都在平淡和无望之中度过。一天，名为黑田砂雪（千菅春香 配音）的女生突然找到了文太郎，砂雪是学校里如同明星一样闪耀的存在，同时也是文太郎一直默默暗恋着的对象，她找到文太郎究竟是为了什么呢？ 原来，文太郎曾经写过的一个剧本深深的吸引了砂雪，砂雪希望文太郎能够协助自己制作美少女游戏，在半推半就之中，文太郎入了伙，但是对于游戏制作的基本流程，文太郎一无所知。同样参与游戏制作的还有文太郎的青梅竹马早川夕夏（花泽香菜 配音）和完美主义者安东映叶（明坂聪美 配音）等人。
瘴气镇是一个风暴永驻的小镇，所有刚出生驼背的小孩都被疯狂的科学家拉去做助手，并且他们都叫伊戈尔。小镇里的科学家们都以发明邪恶的发明为荣，在每年举办的“全国邪恶科学大展”上夺冠更是每一个科学家梦寐以求的荣誉。其中一个科学家的助手伊戈尔（约翰·库萨克 John Cusack 配音），他不满足于当一辈子的助手，想成为一名科学家，并且展会上赢得第一名！恰好就在展会举行前两周，这个伊戈尔的主人格里肯斯坦博士（艾迪·伊扎德 Eddie Izzard 配音）突然猝死了，这对于伊戈尔是个天赐良机。于是，他冒着杀头的风险，冒名顶替了博士去参赛。在短时间里，他发明了他的第一个作品——伊娃（莫莉·香侬 Molly Shannon 配音），而天下没有不透风的墙，他冒名顶替的事情被人发现了，伊戈尔将如何化解问题，来完成自己的梦想……
Ova故事是朱雀与青龙的战争结束几个月后:鬼宿在战争结束仍活在现实世界里,他与美朱和奎介到盛冈替玄武巫女扫墓时,突然间鬼宿被玄武巫女的声音引导下突然地消失了,他醒来时惊见自己已身处「红南国」……,而且还过了50年……
