《百花缭乱 武士少女》是日本ホビージャパン(Hobby JAPAN)出版社创业40周年的跨媒体制作企画。该企画的小说作者为日本的编集者、著作家·铃木ドイツ(すずきあきら)【铃木晓】。同时TV动画也预计在2010年10月开始在独立UHF局以及AT-X电视台播放。但在2010年9月3日在TOKYO MX电视台先行播放了第一话。故事发生在21世纪初叶的日本,此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结,但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗,学生会执行部称其为“丰臣狩猎”,并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力,但他却对执行部的镇压行动抱有疑问,为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上,宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后,突然从天空堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者,从此之后,就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
东京港突然出现了超级怪兽度林卡。青年东光太郎挺身而出,孤身奋战击败了怪兽,得到赛特队重视,成为赛特队一员。再一次与怪兽战斗中,献出了生命,这时奥特之母将泰罗的生命给予了东光太郎,东光太郎亦因此成为泰罗奥特曼。
在繁华都市的某个角落,有一家叫做“时光照相馆”的小店还在照常营业。虽然门庭冷落,但它背后其实由两个具有特殊能力的男人——程小时和陆光经营着。为了完成顾客的委托,陆光和程小时组队配合使用超能力进入照片,然而事情的发展却没能按他们所想的那样……