一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。 这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！ 与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……
いまだ人と、人ならざるものの世界が、分かたれてはいなかった古の物語。 三千年の時を経て復活した、魔神族の精鋭〈十戒〉との戦いに〈七つの大罪〉は敗れ、メリオダスは死んだ。 そして、ブリタニアには暗黒の時代が訪れる。 ディアンヌ、キング、ゴウセルも行方不明の中、リオネス王国に迫る〈十戒〉の魔の手。 エスカノールがエスタロッサを退けるも劣勢は続く。 そして、エリザベスが窮地に陥ったその時、圧倒的な力を取り戻したメリオダスが煉獄より復活を果たす。 〈十戒〉のグレイロードとフラウドリンは討たれ、リオネス王国は守られた。 復旧する建物。しかし、人々の恐怖に傷ついた心は癒えない。 そして、力を取り戻した事でメリオダスは、最凶の魔神と呼ばれた時代に逆行しつつあった。 キャメロットを根城にする〈十戒〉の脅威は続く。 ブリタニアを魔神族から解放する為、〈七つの大罪〉は再集結に向けて動き出す──。
