2002年,数码世界面临灭亡的危机!数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的,然而其中一位天使——基路比兽却叛变,这使得数码世界的平衡受到破坏,并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头,十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人,将进入数码世界,变身成数码暴龙,投入这场冒险与战斗的旅程!
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。