全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里,千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”,最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是,由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战,千空等人的科学王国占优势,之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类,科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标! 冲出世界解开石化之谜!石头世界大航海时代终于开幕——‼
故事讲述男主角大山武进入了原本是女校的大日学园,在这间女性的花园的学校里,等着大山武的是能干的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。
有 230 万人口,其中八成人口为学生的「学园都市」,是比其他地区科技更为先进,并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴,由于她的能力与个性使然,因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……