青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。 在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。
怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
这是一个神族、魔族和人类混居的世界，久而久之，人们竟然也习惯了这种不寻常的生活。故事发生在国立巴贝那学园之中，土见禀（杉田智和 配音）是一位平凡的少年，童年时期的悲惨遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹马芙蓉枫（后藤邑子 配音）的家中，两人每天一同上课放学，彼此之间感情十分要好。 莉希安萨斯（青木沙耶香 配音）是神王的女儿，个性活泼开朗，擅长料理和运动；奈莉奈（松永雪希 配音）是魔王的女儿，在拥有高超智商的同时亦有着宛如天使的钟声一般美妙的歌喉。当两位纯洁的少女因为念念不忘曾经的邂逅而来到土见禀的身边后，会发生怎样有趣的故事呢？
