进入三月，第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。rn“叔叔，你是谁？”rn咲太在七里滨海岸等待麻衣时，酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前？rn另一方面，花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电……rn“你妈妈说，她想见花枫一面。”rn无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿……rn家人的羁绊，新思春期症候群的征兆──
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
