该剧以一场波澜壮阔、跨越时空的战役，描述了神奇的宇宙轮回。 精彩刺激的打斗场面，拥有崇高信念和无限潜能的超兽战士英雄，演绎了一场拯救宇宙的圣战。
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
在昆虫世界里，一群善良的甲虫每日辛劳耕作，建设他们的家园。而在甲虫王国那个最偏僻的山茶村中，却隐藏着一个不为人知的秘密。某天，星仔（赤焰七星）驾着垦泥车开垦自家荒地时，被威龙（乌甲威龙）硬拉上山顶观看一场骑刃王比赛，为了说服对方赔自家的茶树，星仔驾驶垦泥车利用仅剩的3%能量撞翻了对手，但这也让他意外地发现，自己驾驶的垦泥车其实是赤焰家族的家传超级骑刃王——龙战骑。但得知山茶村里有这样一个人之后，狮鹫山庄第一高手钢千翅以及白虎车队队长铠甲神便相继挑战星仔试图分个高下。为了应战，原本想隐瞒事实的赤焰爷爷只得道出实情——星仔的父亲因为驾驶龙战骑比赛而死在了赛场上，而他不希望同样的悲剧和宿命在星仔身上重演，便将龙战骑的外壳卸下，将他伪装成一辆垦泥车，并不许星仔使用它去战斗。他怀着冠军梦想来到大城市，并与钢千翅，铠甲神，苗纹纹组成圣兽队，迎接新的挑战。在成长过程中，他得知一个邪恶科学家为了赢得冠军操纵比赛，团队运用自身神奇力量瓦解了邪恶科学家的阴谋，赢得了总决赛冠军，成为拯救甲虫世界的传奇英雄。
这是一个魔物和人类共存的世界，长久以来，魔物们都隐藏在黑暗中不被人类知晓，然而，“种族间交流法案”的颁布和实施让这个初看有些可怕但实际上人畜无害的种族走出了幕后，走入了人类社会。 来留主公人（间岛淳司 配音）是一个性格温吞没有坏心眼的平凡男子，法案的颁布彻底改变了他平淡的生活。活泼开朗大大咧咧的半蛇人米亚（雨宫天 配音）、个性呆萌整日里迷迷糊糊的鹰身人帕皮（小泽亚李 配音）、高贵典雅重情重义的人马珊卓雷雅（相川奈都姬 配音）、存在感微弱有着双重性格的史莱姆族丝（野村真悠华 配音），这些可爱的人魔娘们接二连三的光临来留的家中，充满了欢笑的同居生活就此拉开序幕。
