故事发生在一座名为阿斯特拉艾亚的山上，在那里，存在着三所女子学校，它们分别是圣米雅特尔女子学园、圣斯毕卡女子学院以及圣露莉姆女子学校，这三所学校共享着同一间宿舍——草莓宿舍。 苍井渚砂（中原麻衣 配音）是圣米雅特尔女子学园的新生，对于充满了未知的未来生活，渚砂的心中充满了憧憬与希冀。一次偶然中，她遇见了名为花园静马（生天目仁美 配音）的女子，霎时间，渚砂就被静马的美丽和高贵深深的吸引了，而静马亦对亲切可爱的渚砂产生了兴趣，一段充满了变数的感情就此在两个女孩之间展开，当渚砂和静马之间的距离日渐缩短之时，静马隐秘的过去也逐渐浮出了水面。
小野寺律（近藤隆 配音）和高野政宗（小西克幸 配音）的故事仍在继续。绿宝石编辑的工作依然很忙，但律已渐渐适应漫画编辑部的工作，自己也越来越感受到这份工作的乐趣。令他困扰的事仍然是高野先生。十年前的初恋现在仍在对自己说喜欢，且了解到当初的分离只是一场误会。但律心中就是有解不开的疙瘩。譬如高野先生和横泽隆史（堀内贤雄 配音）曾交往过的这段不容忽视的事实，还有来自律家庭方面的因素。但感情不受理性的控制，不知该说什么，心砰砰直跳，要费很大的力气才能压抑出心中的“我喜欢你”这几次蹦出。但比起第一季，二人的关系终于有所进步，但距离他们坠入爱河，似乎还有不少的天数。 另外两对，吉野千秋（立花慎之介 配音）和羽鸟芳雪（中村悠一 配音），木佐翔太（冈本信彦 配音）和雪名皇（前野智昭 配音），他们的恋爱故事也仍在继续。
