在校园里，兵藤一诚（尾裕贵 配音）“大色狼”的“美名”广为流传，托它的福，一诚至今任然过着没有女朋友的孤苦生活。这注定是不寻常的一日，首先，一诚居然收到了来自美少女的告白；然后，当一诚正准备开始他梦寐以求的幸福约会时，他被果断的杀死了！当一诚再次睁开眼时，面前的红发女子告诉一诚，是她复活了已经死去的他，并且从今天开始，他将成为她的奴仆。 红发女子名叫莉雅丝（日笠阳子 配音），其真实身份是一名恶魔。袭击一诚的女子隶属“堕天使”的行列，从莉雅丝口中的“战争”和“神器”等艰涩的名词，以及接连不断的，来自于堕天使们的攻击中，一诚知道，自己单纯快乐的校园生活即将画上句点。
某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸，结果发现司机竟是绑匪，他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真，少年侦探团最终能否成功救出博士呢？
年轻人史奇对自己的技巧有点儿骄傲，他将成为外科医生，他认为能把妹妹从痛苦中解脱出来，虽然其他医生觉得手术太昂贵和无效果。…但史奇最后还是失去了妹妹。在车祸后，双手动不了的他变得抑郁，而现代科技起不了作用。他去了喜玛拉雅山来找寻前人，谣传他医术高明。他发现前人帮不上忙，前 人告诉他先治愈好心灵，才能治愈好身体，要冲破心灵障碍，别相信眼见为实，史奇接受了古怪的身体训练，可他情况变得更糟糕…前人病了，随从莫多想继承魔法大师的职位，因此他视史奇为对手。同时，妖法高深莫测的邪灵Dormammu扬言离开监禁后，会为祸人间。在敌人的敌人就是朋友的理论下，追求权力的莫多也许和Dormammu联手。究竟史奇能否做好准备，及时阻止他们？
