自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
灾变纪元,人类靠机甲对抗噬铁兽,机械亲和度决定一切。林风因F级亲和度被血狼战队抛弃,濒死时意外激活机械神豪系统,从此逆袭。他坐拥S级机甲军团,开起风暴维修站,以超导电池、定制机甲等黑科技横扫末世,不仅赚得海量晶源,更凭实力碾压昔日仇敌雷烈兄弟。面对兽潮危机与各方势力觊觎,林风一边升级系统、打造深渊级机甲,一边守护文明火种,从被唾弃的废柴,一步步成为掌控末世机甲帝国的绝对王者。