一只古老的面具打破了神秘世界族民们的平静的生活，一场不可避免的战争即将爆发！为阻止这场战争，新族长啦啦请人类世界的好友王雨果回来帮忙，淘气的雨果却将爸爸王大山带入了神秘世界。面对周遭突如其来的变化和对未知的恐惧，爱女心切的王大山惊慌失措，糗态百出…… 鬼马精灵的女侠、包子脸怪兽啦啦、帅气呆萌的老爸、率直娇憨的熊大叔；个性迥异的卖萌组合，欢乐逗趣的神秘历险，悬念迭起的旅程即将起航！
林动为了从百朝大战中脱颖而出，带着同伴小貂、小炎深入危机四伏的远古密藏寻找机缘。经历重重艰险后，他击败了宿敌林琅天，在四宗殿的青龙殿获得殿主的武学传承，还获得生死转轮丹，帮助小貂重塑了身体。此后，林动又通过挑战超级王朝参赛者以提升自己积分排名的方式，成功获得了百朝大战冠军之战的参赛资格，并在万众瞩目中再次将林琅天彻底打败。然而，心存不甘的林琅天却与潜伏在百朝大战战场上的西玄域奸细勾结，启动封天阵图要夺走百朝大战所在的远古战场，并将林动等人置于死地。最终，林动带领众多参赛者，齐心协力破解西玄域阴谋，捍卫东玄域利益。林动因此成为百朝大战冠军，并加入超级宗门中的道宗。
一群老朋友又将开始一段新的旅程。当猛犸象曼尼（Manny）沉浸在马上要当爸爸的喜悦之时，剑齿虎迭戈（Diego）却为自己的逐渐衰老而黯然伤神，此时树懒希德（Sid）则发现了三枚恐龙蛋，居然“母爱”泛滥，想做这三只小霸王龙的妈妈，结果被小恐龙真正的妈妈霸王龙掳走。 为了寻 找同伴，一群可爱的动物朋友们走进了隐藏在冰河世纪之下的“侏罗纪公园”，在这片神奇的地方，他们会认识什么新朋友，又会遭遇到什么危险，这都让所有众多“冰粉”们充满期待。 这部电影作为20世纪福克斯公司（20th Century Fox）第一部3D形式大规模上映的动画片其制作成本达到1.2亿美元，几乎是《冰河世纪1》的两倍。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
