随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
世界上自古流传的两条头带,"一番"和"二番",佩带一番者有如神,唯一能向其发出挑战的就是二番佩带者,但全世界的人都可以向二番发起挑战. 少年阿非目睹了曾经作为一番的父亲被来挑战的二番"正义"斩首,从此,背负着杀父之仇走上了挑战一番的道路.
