海鸥学园的奇妙传言之一。据说旧校舍三层女厕所的第三间里的同学，会实现前来拜访者的愿望。非常喜欢巫术等超自然现象的少女八寻宁宁为了实现自己的愿望，将之托付给了学园怪谈……
小烈和小豪是模型四驱车的爱好者，小小年纪的他们已经懂得了很多模型四驱车的知识，加上有模型四驱车专家土屋博士的帮助，他们的四驱车已经在各种比赛中屡屡获奖。然而，最近突然出现了一些极具毁灭性的赛车，它们不仅拥有绝对的速度优势，而且能将对手的四驱车压得粉碎！原来，这是邪恶的大神博士研发的新一代的四驱车。为了捍卫荣誉，打败大神博士的车队，小烈和小豪开始对他们的四驱车开始进行彻底改造！
幽静的轻井泽，金田一一（松野太纪 配音）和七濑美雪（中川亚纪子 配音）与邀请他们的好友——经营电脑系统公司井泽研太郎（内山昂辉 配音）会面。井泽的老主顾火祀集团的青龙社长不久前死于列车事故，在他遇难之前，家中用于黑魔法的人偶消失，但事故当天一个断成两截的人偶突然出现， 与社长死状如出一辙。井泽怀疑这是一起杀人事件，于是拜托金田一找出真正的凶手。在神秘的黑魔法公馆中，金田一一行见到了社长的养子晓（及川以造 配音）、九曜（宫野真守 配音）、星子（朴璐美 配音）以及黑魔法师黑瓜鬼门。人人都有嫌疑，人人都有不在场证明，而死亡事件仍在继续…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。
