斋森美世虽出身异能者名门，却不像妹妹有珍稀的“见鬼之才”，从小遭父亲蔑视，并饱受继母和妹妹欺凌。斋森家为了政策联姻，将美世许配给异能者久堂清霞。此人虽才能卓越却性格冷酷，已被多任未婚妻解除婚约，美世初到久堂家时更只得到清霞冷淡对待，但善良的美世渐渐打动了漠然的婚约者。
故事讲述男主角大山武进入了原本是女校的大日学园，在这间女性的花园的学校里，等着大山武的是能干的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。
由于委托很少，毛利侦探事务所门可罗雀，小兰不得不精打细算，小五郎也整日靠看自己上节目的录像打发时光。某日，小五郎收到一件神秘包裹，却对柯南和小兰隐瞒再三。正在这时，一通神秘电话打入事务所，柯南接听，却发现竟是一通搭错线的恐吓电话。小五郎对此全不上心，而柯南对此念念不忘。对方的声音与服部平次颇为相似，于是他请来服部一同调查。他们按照与事务所相近的电话号码逐一打去，终于发现一个姓岩爪的宝石商人和恐吓电话有关。他们赶到岩爪的公寓，得知警方已经先行到达，不久更知晓怪盗基德似乎也与此案有关。真相究竟如何？
心爱在木造房屋小镇度过的第二个夏天即将结束，季节即将变成各种盛大活动满载的秋季。不论是在学校还是在Rabbit House，都有很多开心的事情！心爱、智乃以及大家都难以抑制对未来的期待……！
