全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
社畜王翠花穿越成了《恶魔宠妃》中的必死角色庾晚音，与同为现代人穿越的皇帝夏侯澹相认后，二人结盟，欲抵抗端王夏侯泊与太后两方的迫害。适逢燕国王子图尔以和谈之名来到大夏，此人暗怀对夏国的仇恨，受端王怂恿后，在邶山对夏侯澹展开刺杀。夏侯澹不慎中毒，却揭破了图尔被端王利用的事实，欲将其策反为己所用。就在这时，端王设下的伏兵准备将他们一网打尽，夏侯澹等人只得逃往地宫……皇宫内，已倒戈鱼蛋阵营的谢永儿焦急地等待这场危机的结局。宫外，阿白已经成为了大夏右军将领，集结军队准备一场大战。 此时，地宫中，众人终于捱到禁军前来救驾，夏侯澹却陷入昏迷……
鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、卡卡西（井上和彦 配音）和小李（増川洋一 配音）四人接到新的任务，他们要护送月之国王子月满回国。月之国位于三日月岛，该国超级富有，他们的王子月满则俨然一个纨绔子弟的形象。受父王之命，月满带着儿子小光及众多随从周游列国，沿途买了无数的东西。所谓树大招风，不少歹徒打起月之国一行的主意。作为清贫的忍者，他们无法理解富人的一些做法。不过随着旅途的积蓄，鸣人他们渐渐了触摸到月满父子的内心世界，彼此间成为很好的朋友。漫长的旅行仍在继续，更多的艰难险阻等在前方…… 本片为《火影忍者》第三部剧场版动画。
