故事发生在砂刑历93年。一艘名为“泥鲸”的漂泊船上，生活着513名居民。他们分为两个种族——拥有超能力的“印族”，以及没有超能力的“无印族”，相比于印族，无印族拥有更长的寿命。某一日，一个名为莉柯丝（石见舞菜香 配音）的少女被一位名叫查克罗（花江夏树 配音）的少年发现在了废墟之中，当男孩遇见女孩，命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃（岛崎信长 配音）、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼（梅原裕一郎 配音）、天真可爱不谙世事的萨米（金元寿子 配音），在岛上，每一段相遇都会交织出一段新的乐章。
以海贼王为目标的少年蒙奇·D·路飞，将索隆、娜美、乌索普、山治、乔巴、以及Nico·罗宾加入了新的伙伴，继续航行。这时，在他们身边，巨大的船从天空落下。路飞们避开掉落的船，得救了。在令人吃惊的他们的身边被风吹到的“星巴邦”的地图，那是对天空之地“空岛”的地图。但是，突然天空突然出现了一个巨人的影子。摸索到空岛的路飞们在杰亚遇到了海贼勃朗峰·克里特。板球是400年前成为绘本的“骗子诺兰”的不光彩的探险家的子孙。但是，板球的祖先诺兰不是说谎，而是真的去了空岛。作为证据，路飞们知道了在航海日志中描绘的冲击的事实。然后，路飞们知道，作为去空岛的唯一线索，必须要被细菌海流吞噬。穿过强烈的海流的目的地，是在云上岛上存在的神之国·斯基亚。在喜悦的草帽一伙中出现了空之骑士·福尔和天空的居民科尼斯。但是，那里是被称为全能神的艾尔支配的国家…。 《海贼王》空岛特别篇将在富士电视台播出。本次特别篇将重制《海贼王》经典之章《空岛篇》，并加入全新的原创内容，将空岛篇扩展到2个小时的长度，“雷神”艾尼路将再次登场。
