2044年的纽约,大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球,大量外星人通过神秘传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势,死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望,忍者神龟们决定回到过去时空,找到开启传送门的钥匙,阻止朗格,恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命,他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头,并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合,开启了拯救世界的行动。“我们的未来,我们自己做主”,忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。
一款可以用来代替士兵作战的全自动化机器人RS1被成功研制,送往香港参加展览。RS1的破坏力极为巨大,亦十分危险,它的存在令许多犯罪分子们垂涎欲滴。香港特警马奇(冯德伦饰)、艾伦(李灿森饰)和艾迪森(陈冠希饰)奉命保护RS1的安全,而马奇和艾迪森之间曾经有过一段极不愉快的过往,使得两人在合作之中屡屡发生冲突。科特(孙国豪饰)是艾迪森的好友,他的真实身份是一名天才黑客。科特趁同艾迪森叙