御門 千早は容姿端麗・文武両道だが、外交官である父親の納得できない行動が原因で男性不信となり、それが通っている高校でも影響し、ついには人間不信になり登校拒否になっていた。それを見かねた母・妙子の強制により、妙子がかつて通っていた『聖應女学院』に『妃宮 千早』として『女装』して転校する羽目となってしまう。 学院では以前ナンパ男から助けてくれた少女・薫子と再会し、寮生活を始める。千早の美しい容姿と嫋やかな振る舞い、優秀な成績から次第に生徒達の注目を集めていく。
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
