故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
少年红英司因收到失踪已久的姊姊红绫香的一封信，潜入神秘富豪葛莱因‧桑德曼居住的[圣日耳曼城]去寻找姊姊， 却不巧碰上对地球觊觎已久的外星异种前来袭击，在桑德曼有计划的引导下，红英司便煳涂的与众人一起乘坐机器人-超重神打败了外星异种ゼラバイア。 事后，红英司以协助找到失踪姊姊的条件答应加入桑德曼为了对付外星异种而成立的[地球战骑队]；在一次次的危机中真相逐渐浮现，矇面的雷门以及桑德曼和莉露的真实身分呼之欲出，而外星异种ゼラバイア袭击地球的原因也慢慢被揭露。
