童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。 本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
骊珠洞天破碎，少年陈平安肩负重任，护送李宝瓶等人前往大隋求学。路途凶险万分，既有大骊铁骑追杀，也有精怪鬼魅环伺。前有神秘剑客阿良现身相助，后有文圣，崔诚等人悉数登场。少年郎行万里路，挥百万拳，肩头既有草长莺飞也有责任使命。人间山水郎，踏上了他的成长征途。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
13场一对一决斗攸关人类存亡，来自世界各地的神明与人类代表又将再度展开激战。诸神黄昏之战目前 3 比 3 平手，一起来见证这场人神终极决斗的第 7 场对决。血流成河、拳影飞舞的钢铁意志之战开打。
故事將圍繞綠谷出久與死柄木弔的對峙、轟焦凍與其兄轟燈矢了斷家族恩怨，以及麗日御茶子與渡我被身子的相遇展開，同時也將迎來歐爾麥特與「人人為我」的戰鬥結局。
日本各地出现了异空间「魔都」──由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，因此便由女兵组成了「魔防队」。某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
