1940年的伯明翰，在第二次世界大战的混乱中，汤米·谢尔比（基里安·墨菲 饰）从自我放逐中回归，直面着迄今为止最具破坏性的清算。家族和国家的未来岌岌可危，汤米必须面对自己心中的恶魔，并选择是直面它还是将其毁灭。
圣诞节前夕，空气中弥漫着节日的气息，“越州47”航班上，坐满了即将赶回家中同亲人们团聚的乘客，其中，有两个人显得是那样的格格不入，他们是穷凶极恶的罪犯史达斯（布莱丹·格里森 Brendan Gleeson 饰）和韦弗（雷·利奥塔Ray Liotta 饰），两人被四名警察押解着，前往洛杉矶。 最坏的情况发生了，史达斯袭击了警察，击毙了机长，一时间，飞机进入了无人驾驶的危险状态。就在这个节骨眼上，机智的空姐泰利（罗伦·荷莉 Lauren Holly 饰）果断出手，飞机重新回到了掌控之中，然而，真正危险的不仅仅是前方即将飞入的雷暴区，还有阴险狡诈，杀人如麻，对泰利垂涎已久的韦弗。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
游船遇风暴沉没，陆霆、女友陈清、李娜、陈清闺蜜马樱漂至荒岛。众人遭巨蟒袭击，得探险者遗物求生。马樱因妒生事，后联合落难驾驶员王强，王强却被巨蟒吞噬，马樱悔悟坦白。巨蟒擄走陈清，众人设伏，马樱与巨蟒同归于尽。数月后，陆霆、李娜乘直升机获救。
