在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
公元397年，风景秀丽的张家界，以黑心虎为首的魔教放火烧山，荼毒生灵，欲抓森林之灵兽玉兽麒麟，妄图借喝麒麟的热血以增强内力，称霸武林。为了维护森林和平与安宁，虹猫的父亲联合蓝兔的母亲等七人，七剑合壁，最终大败黑心虎，但七剑也非伤即残。 五十年后，黑心虎带领魔教卷土重来。而唯一能阻止黑心虎的只有再次七剑合壁，但此时的七剑，除了虹猫父亲，其他六剑已分散隐居，去向不明。一场血战，虹猫父亲终因寡不敌众，英勇牺牲。少侠虹猫谨遵父亲遗命，肩负起拯救森林环境的重任，含愤下山去寻找其他六剑传人……
男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
