「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。幼い頃の事故が原因で脳以外の全身を義体化した少女・七転福音（ななころびねね）は、親類を頼って人造のリゾートアイランド「セナンクル島」にやってくる。しかし、そこで待っていたのは、重武装のテロリストや大量破壊兵器がのさばる途方もない新生活だった。
校园推理社拍摄的微电影剧情突然成为现实！微电影的女主角、夏驰的女友晴知突然收到神秘来信，离奇失踪。更为诡异的是，如同不曾存在过一般，除了夏驰和好友孟秦外，竟无人记得晴知这个人…… 为了寻找晴知，夏驰和孟秦不得不试图解开信中的谜题。他们意外发现，晴知被带入了一个名为“端脑”的游戏之中。为了找到晴知，他们闯入了游戏，在一次次智商、情商、体力、精神力甚至是性命的比拼中，逐渐接近了晴知失踪的真相，也渐渐发觉：端脑游戏，并没有想象中那么简单……
Vilgax has beaten the heroes of ten planets and taken their powers as his own. Now he's looking for Ben.
